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这两种电池的正极材料不同，并且成本也是不同的。磷酸铁锂电池的正极是使用磷酸铁制造的，三元锂电池的正极是使用三元材料制造的。三元锂电池的能量密度要比磷酸铁锂电池更高，并且三元锂电池的成本也要比磷酸铁锂电池更高。
有些三元锂电池的正极是使用镍，钴，锰制造的，有些三元锂电池的正极是使用镍，钴，铝制造的。
高端的电动汽车或插电混动汽车都会使用三元锂电池。
但是三元锂电池的安全性是不如磷酸铁锂电池的，很多注重安全性的电动汽车会使用磷酸铁锂电池。
比亚迪旗下的很多电动汽车就在使用磷酸铁锂电池。
磷酸铁锂电池是比较怕低温的，因为磷酸铁锂电池内的化学反应不如三元锂电池活泼，很多磷酸铁锂电池在温度较低的环境下使用时电池的容量下降会比较多。
甚至有一些磷酸铁锂电池在低温环境下使用时无法正常放电。
很多电动汽车也在着手解决这个问题，有很多高端电动汽车会给电池组配备加热系统和冷却系统，这样可以让电池组始终保持在一个良好的工作温度区间内。
